- Centro de Desenvolvimento Docente para o Ensino (CDDE)
- Centro de Avaliação em Ensino de Graduação (CAEG)
- Centro de Atenção Primária (CAP)
- Centro de Ciências das Imagens e Física Médica (CCIFM)
- Centro de Medicina Legal (CEMEL)
- Centro de Métodos Quantitativos (CEMEQ)
- Centro de Oncologia (CEONCO)
- Centro de Pesquisa em Virologia
- Centro de Apoio Educacional e Psicológico (CAEP)
- Centro de Saúde Escola (CSE Cuiabá)
- Centro de Desenvolvimento e Formação Continuada em Informática Biomédica
