La Sección de Tesoreria es responsable por los pagos:
- Compras al contado por adelantado,
- Convenios: CAPES (PROAP y PROEX), FAPESP y CNPQ,
- Asesorías,
- Auxilios.
Elabora rendición de cuentas de los adelantos. Controla diariamente los saldos de las cuentas bancarias de los convenios y proyectos. Efectúa recepciones y retenciones de tasas y otros recursos.