- Congregação
- Conselho Técnico Administrativo (CTA)
- Comissão de Atividades Universitárias (CAU)
- Comissão de Corpo Docente (CCD)
- Comissão de Direitos Humanos (CDH)
- Comissão de Orçamento
- Comissão de Graduação (CG)
- Comissão de Pós-Graduação (CPG)
- Comissão de Pesquisa (CPq)
- Comissão de Cultura e Extensão Universitária (CCEx)
- Comissão de Relações Internacionais (CRInt)
- Câmara Interinstitucional de Pesquisa
- Comissão de Ética no Uso de Animais da FMRP (CEUA-FMRP)
- Comitê de Ética em Pesquisa do HCFMRP (CEP/HCFMRP)
- Comissão Interna de Prevenção de Acidentes (CIPA)
- Comissão Interna de Biossegurança (CIBio)
- Comissão de Radioproteção
- Comissão de Gestão Ambiental
